In Risen 2: Dark Waters, l'Inquisizione invia l'eroe alla ricerca di un modo per sconfiggere le mostruose creature che disturbano il commercio via mare, lasciando così le isole prive di rifornimenti. I pirati sembrano sapere come sconfiggere questi mostri, ma... convincerli a cooperare non sarà facile. 

Risen 2 può contare su numerose novità dal punto di vista dell'azione di gioco: per esempio, i giocatori ora possono utilizzare anche le armi da fuoco. E gli avventurieri, essendo dei pirati, possono anche ricorrere a nuove abilità, definite "trucchetti sporchi", che consentono loro di confondere o colpire i nemici in battaglia.