Il gioco è ambientato otto anni dopo la sconfitta di Andross, narrata in Star Fox 64. Il generale Pepper invia Fox e i suoi compagni Peppy e Slippy per investigare su un pianeta del sistema Lylat, Sauria, che si sta apparentemente sgretolando. Lì scopriranno che un tiranno, il generale Scales, con il suo esercito di dinosauri, ha preso il potere ed ha imprigionato la principessa del pianeta. Fox ed i suoi compagni, non potendo tollerare tale situazione, daranno inizio ad una battaglia contro il tiranno per liberare il pianeta. Nella battaglia lo Star Fox Team sarà affiancato da Tricky, un cucciolo di triceratopo, e Kristal, una volpe umanoide azzurra nativa del pianeta.